É possivel realizar o backup de apenas o que foi modificado dentro de um arquivo?

Sim, os softwares profissionais de backup (PRO) operam com a tecnologia denominada InFile Delta.

Imagine que você tenha um arquivo de 10GB e este arquivo sofreu uma pequena alteração de 1MB. Um software comum de backup reenviaria o arquivo de 10GB para a nuvem pois ele sofreu alteração. Já com a funcionalidade do InFile Delta, ele irá enviar apenas o que foi alterado, ou seja, ele envia apenas 1MB.

Você também pode pensar assim: hoje criou um arquivo no Microsoft Word e digitou apenas a página 1 e faz o backup. O backup enviará o arquivo.docx contendo apenas a página 1. Amanhã você digita a pagina 2 no mesmo arquivo e  ele terá a capacidade de enviar apenas a página 2 e não enviar o arquivo.docx inteiro novamente.

Dos 20min aos 30 min deste Video é apresentado em detalhes esta tecnologia: https://artbackup.com.br/videos/art-pro